- Produktionsland: USA, AUS
- Erscheinungsjahr: 2003
- Länge: 136 Minuten
- Genre: Science Fiction
- FSK: 16
- Musik: Don Davis
- Regie: Die Wachowskis
- Keanu Reeves: Thomas A. Anderson/Neo
- Laurence Fishburne: Morpheus
- Carrie-Anne Moss: Trinity
- Hugo Weaving: Agent Smith
- Jada Pinkett Smith: Niobe
- Monica Bellucci: Persephone
- Harold Perrineau, Jr.: Link
- Lambert Wilson: Merowinger
- Randall Duk Kim: Der Schlüsselmacher
- Neil Rayment/Adrian Rayment: Zwillinge
- Gloria Foster: Das Orakel
- Collin Chou: Seraph
- Helmut Bakaitis: Der Architekt
- Ian Bliss: Bane
- Daniel Bernhardt: Agent Johnson
- Essie Davis: Maggie
- Harry J. Lennix: Commander Lock
- Anthony Wong: Ghost
- Roy Jones Jr.: Captain Ballard
- Anthony Zerbe: Senator Hamann
- Nona Gaye: Zee
- Nathaniel Lees: Captain Mifune
Neo, der vor kurzem Agent Smith besiegt hat, ist sich nun seiner Kräfte bewusst, zweifelt aber immer noch daran, der Auserwählte zu sein. Derweil bereiten sich die Maschinen darauf vor, Zion, die Stadt der Menschen, einzunehmen.
Im weiteren Verlauf der Geschichte begibt sich die Besatzung der Nebukadnezar auf den Weg nach Zion, um die dortige Bevölkerung auf den bevorstehenden Krieg einzuschwören und um den Ältestenrat von einer Gegeninitiative zu überzeugen. Gegen den Willen des obersten Zuständigen für die Verteidigung von Zion, Commander Lock, bekommt Morpheus die Erlaubnis des Ältestenrates für seine Gegeninitiative. Ihm schließen sich die Mannschaften zweier weiterer Schiffe an. Die Handlung splittet sich hier in zwei Stränge, wobei einer innerhalb der Matrix spielt und einer in der realen Welt. Wiederauftretende Figuren sind das Orakel, das Neo aufsucht, um seine Zweifel zu bekämpfen, sowie der Leibwächter des Orakels, Seraph, der Neo in einem Wettstreit auf die Probe stellt. Agent Smith, der kein Teil der Matrix mehr ist, beherrscht nun in diesem Teil die Fähigkeit, sich unendlich zu reproduzieren.
Neo wird vom Orakel darauf hingewiesen, dass er den Angriff nur mit Hilfe des Schlüsselmachers verhindern kann, der der Einzige ist, der ihnen den Zugang zum Zentralcomputer der Maschinen verschaffen kann. Dieser Schlüsselmacher befindet sich jedoch in den Händen des Merowingers. Nach der Befreiung des Schlüsselmachers gelangen Morpheus und Neo in einen Konflikt mit Smith, können jedoch rechtzeitig Zutritt zum Zentralcomputer erlangen. Dort trifft Neo auf den Architekten der Matrix, der ihm von dem Plan der Maschinen und den vergangenen Versionen der Matrix erzählt. Dadurch erfährt Neo, dass er nichts weiter als eine Anomalie im Code der Matrix ist. Währenddessen befindet sich Trinity in einem Kampf gegen einen Agenten. Der Architekt weist Neo darauf hin und lässt ihm die Wahl, in die Matrix zurückzukehren und Trinity zu retten, was allerdings einen Systemabsturz der Matrix zufolge hätte, der alle in der Matrix lebenden Menschen töten und somit die menschliche Spezies auslöschen würde, oder die Matrix zu verlassen und sie neuzustarten. Neo entscheidet sich aus Liebe zu Trinity zur Rückkehr in die Matrix und zerstört damit den Plan der Maschinen. Neo kommt jedoch zu spät. Trinity, die tödlich verletzt in Neos Armen stirbt, wird von diesem wieder zum Leben erweckt. Beide verlassen die Matrix.
In der realen Welt wird Morpheus’ Schiff von Wächtern angegriffen. Die Crew verlässt das Schiff, bevor es zerstört wird. Neo bündelt seine Kräfte und schafft es, diese außerhalb der Matrix einzusetzen und die Wächter auszuschalten. Zion entsendet derweil zwei Schiffe, um die Crew aufzunehmen. Neo, der durch diesen Kraftakt das Leben der anderen gerettet hat, fällt nach der Tat ins Koma.
Indes rücken die Maschinen Zion immer näher.
